石斛的药材商品的加工方法甚多，也颇为复杂，一种石斛属植物可以作为几种商品石斛，而一种商品石斛包括7～8种石斛属植物。目前，有关石斛的加工方法存在着很多问题，主要是无一定的方法和程序。
一般来说．石斛的加工应包括下述一系列的方法连续处理：沙炒法、水煮法、水蒸法、火烧法、火灰炮法、火烘法、日晒法等等。
在野外多先采集就地直接用火烧或火烤后，再作一系列其他加工处理。但在个体药农家中有些先用水蒸煮，继以日晒、夜露等加工处理。有些地区则将鲜石斛先堆放使之发酵半个月以上，再用机械方法除去叶鞘，以木炭火烤或沙炒至黄色。有些则将石斛先以水浸泡数日，发酵使叶鞘膜腐烂，用棕刷刷净，再以稻草竹席密盖使不透气，加火烘至八成干时，进行搓揉后，再烘至全干。将干品堆放，浇沸水于其上，令其浸透，再用草垫密盖令其发酵，使颜色呈金黄色，再烤一次即为成品。其实用这种方法加工处理的石斛商品药材，其中所含的化学成分已被破坏殆尽，毫无药效可言。
华西医科大学药学系的王宪楷等曾对市售商品药材环草与马鞭石斛、粉花石斛、迭鞘石斛的鲜品植物进行对比测试，发现市售商品药材不但无生物碱反应，而且水和醇的浸出物的量都十分微小，难以确保药效。这种情况发生的原因是目前普遍存在的错误概念，即对商品石斛的品类（判断好坏）不是取决于原植物的品种，也不是以临床疗效为前提，而是依据于外观。这种倾向应该纠正。
石斛的加工依据商品规格，大致有西枫斗、吊兰枫斗和黄草等。

西枫斗
西枫斗即选用霍山石斛、美花石斛、细茎石斛、广东石斛等鲜全草，除去叶片及膜质叶鞘，留下2~3条须根（龙头）及完整的茎顶端（凤尾）置铜锅内，在盖了灰的炭火上（保持80℃左右）缓缓烘软后，手工搓揉使成螺旋形，再入锅内（降温至50℃左右）烘烤，反复操作至于后不变形为度。注意避免高温烤，以免影响成品质量。西枫斗一般可见1~4个旋纹，长1~1.5厘米，直径约3毫米。以色黄绿、龙头凤尾齐全、长短粗细均匀、味寸淡或微苦而回甜者为佳。

吊兰枫斗／圆拥斗
系铁皮石斛、束花石斛、细茎石斛、广东石斛、美花石斛、重唇石斛等的幼茎（非当年萌发的嫩株）作力加上原料，按西枫斗的方法加工而成。其成品无龙头凤尾，两端可见剪刀痕。

黄草
系取部分石斛属植物尚未结果的鲜草地上部分，除净叶及根头，置锅内炒软或沸水烫软后，搓去膜质叶鞘，边搓边晒（或烘）至于（注意开始搓时不宜用力，以免擦破茎皮，影响质量），使之色金黄，顺条理直成束把的商品药材。
黄草一般以身干、无岔枝、节稀疏、质地柔软、有粉质、味不苦或微苦、有黏性者为佳。如原料为已经结果的植株，则加工后成品色黑、体空、质次。
商品药材按其外形、粗细及长短，一般可分为细黄草、粗黄草、扁黄草和小瓜黄草等。

结子斗
结子斗由多种长度不足8厘米，无法制成枫斗的石斛植物制作而成，多呈扭结状。